Decifrando a Microbiota Pulmonar em pacientes com COVID-19: Insights da Análise de Cultura, Painel de Pneumonia FilmArray, Impacto da Ventilação e Tendências de Mortalidade

Resumo Poucos estudos analisaram o papel do microbioma pulmonar no diagnóstico de coinfecção pulmonar em pacientes com COVID-19 ventilados na UTI. Caracterizamos a microbiota pulmonar em pacientes com COVID-19 com pneumonia severa sob ventilação mecânica invasiva usando sequenciamento do gene 16S rRNA completo e estabelecemos sua relação com coinfecções, mortalidade e a necessidade de ventilação mecânica por mais de 7 dias. Este estudo incluiu 67 pacientes com COVID-19 na UTI. O DNA extraído de lavado broncoalveolar mini e amostras de aspiração endotraqueal foi amplificado por PCR com primers específicos de 16S (27F e 1492R). Também foi realizada uma análise de abundância bacteriana geral e relativa. A diversidade alfa foi medida pelos índices de Shannon e Simpson, e as diferenças na microbiota foram estabelecidas usando diversidade beta. Um algoritmo de tamanho de efeito de análise discriminante linear (LDA) foi implementado para descrever biomarcadores. Streptococcus spp. representou 51% da abundância microbiana total. Não houve diferenças na diversidade alfa entre as variáveis analisadas. Houve variação na composição bacteriana entre as amostras que tinham culturas positivas e negativas. Os gêneros Veillonella sp., Granulicatella sp., Enterococcus sp. e Lactiplantibacillus sp., com pontuações LDA > 2, foram biomarcadores associados a culturas negativas. Rothia sp., com pontuação LDA > 2, foi um biomarcador associado à mortalidade.