Uma abordagem de sequenciamento baseada em amplicons para a caracterização do vírus Usutu

Resumo O vírus Usutu (USUV), um arbovírus da família Flaviviridae, gênero Flavivirus, recentemente ganhou atenção crescente devido ao seu potencial de emergência. Após sua descoberta na África do Sul, o USUV se espalhou para outros países africanos, depois surgiu na Europa, onde foi responsável por epizootias. O vírus foi recentemente encontrado na Ásia. A infecção por USUV em humanos é considerada, na maioria das vezes, assintomática ou causa sinais clínicos leves. No entanto, alguns casos de complicações neurológicas, como encefalite ou meningoencefalite, foram relatados em pacientes imunocomprometidos e imunocompetentes. O ciclo de vida natural do USUV envolve mosquitos do gênero Culex como seu principal vetor e várias espécies de aves como reservatórios virais naturais ou hospedeiros amplificadores; humanos e cavalos podem ser hospedeiros incidentais. Estudos filogenéticos realizados mostraram oito linhagens, mostrando uma diversidade genética crescente para o USUV. Este trabalho descreve o desenvolvimento e validação de uma nova abordagem de sequenciamento baseada em amplicons do genoma inteiro para o vírus Usutu. Este estudo foi realizado em diferentes cepas do Senegal e da Itália. A nova abordagem mostrou boa cobertura usando amostras derivadas de vários hospedeiros vertebrados e pode ser valiosa para a vigilância genômica do vírus Usutu para entender melhor a dinâmica da evolução e transmissão do vírus.