Enriquecimento em Duas Etapas Facilita a Redução de Fundo para Análise Proteômica de Lisossomos

Os lisossomos constituem o principal compartimento degradativo da maioria das células mamíferas e estão envolvidos em várias funções celulares. A maioria delas é catalisada por proteínas lisossomais, que geralmente são de baixa abundância, complicando sua análise por proteômica baseada em espectrometria de massa. Para aumentar o desempenho analítico e permitir o perfilamento do conteúdo lisossomal, os lisossomos são frequentemente enriquecidos. Duas abordagens ganharam popularidade nos últimos anos, a saber, nanopartículas de óxido de ferro superparamagnéticas (SPIONs) e imunoprecipitação de células que superexpressam uma versão com etiqueta 3xHA de TMEM192 (TMEM-IP). O efeito dessas abordagens no proteoma lisossomal não foi investigado até a data. Abordamos esse tópico por meio de uma combinação de ambas as técnicas e análise proteômica de frações enriquecidas com lisossomos. Para o tratamento com SPIONs, identificamos a alteração da homeostase de ferro celular e mudanças moderadas no proteoma lisossomal. Para a superexpressão de TMEM192, observamos efeitos mais pronunciados na expressão de proteínas lisossomais, especialmente para proteínas de membrana lisossomais e aquelas envolvidas no tráfego de proteínas. Além disso, estabelecemos uma estratégia combinada baseada no enriquecimento sequencial de lisossomos com SPIONs e TMEM-IP. Isso possibilitou maior pureza das frações enriquecidas com lisossomos e, por meio do enriquecimento lisossomal baseado em TMEM-IP das frações de fluxo e eluato das SPIONs, insights adicionais sobre as propriedades das abordagens individuais. Todos os dados estão disponíveis via ProteomeXchange com PXD048696.