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A tecnologia de proteínas de fusão baseada em caspase (CASPON) permite a clivagem universal de tags de fusão de proteínas de interesse para reconstituir o N-terminus nativo. Embora a enzima CASPON tenha sido otimizada para ser promíscua contra uma diversidade de peptides N-terminais, a eficácia de clivagem para proteínas maiores pode ser surpreendentemente baixa. Desenvolvemos um meio eficiente para racionalizar e prever a eficiência de clivagem com base em uma representação estrutural dos peptides N-terminais intrinsecamente desordenados e suas interações putativas com a enzima CASPON. O número de conformações N-terminais que interagem favoravelmente mostra uma boa concordância com a eficiência de clivagem observada experimentalmente, em conformidade com um modelo de seleção conformacional. O método depende de simulações de dinâmica molecular computacionalmente baratas para gerar eficientemente uma coleção diversificada de conformações N-terminais, seguidas por um procedimento simples de ajuste na enzima CASPON. Pode ser prontamente utilizado para avaliar a clivabilidade da CASPON a priori.
Liu et al. (Mon,) estudaram essa questão.