scCDC: um método computacional para detecção e correção de contaminação específica de genes em dados de RNA-seq de célula única e núcleo único

Resumo Em ensaios de RNA-seq de célula única e núcleo único baseados em gotas, a contaminação sistemática de moléculas de RNA ambientais viés a quantificação dos níveis de expressão gênica. Os métodos existentes corrigem a contaminação para todos os genes globalmente. No entanto, falta uma avaliação específica da eficácia da correção para diferentes níveis de contaminação. Aqui, mostramos que DecontX e CellBender subcorretem genes altamente contaminantes, enquanto SoupX e scAR sobrecorretem genes pouco ou não contaminantes. Aqui, desenvolvemos o scCDC como o primeiro método para detectar os genes causadores de contaminação e apenas corrigir os níveis de expressão desses genes, alguns dos quais são marcadores de tipo celular. Comparado com os métodos existentes de descontaminação, o scCDC se destaca na descontaminação de genes altamente contaminantes, evitando a sobrecorreção de outros genes.