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Resumo A descoberta de medicamentos visa identificar compostos terapêuticos potenciais capazes de modular a atividade de alvos biológicos específicos. O docking molecular pode apoiar eficientemente esse processo, prevendo interações de ligação entre pequenas moléculas e alvos macromoleculares e potencialmente acelerando campanhas de triagem. O SwissDock é uma ferramenta computacional lançada em 2011 como parte do projeto SwissDrugDesign, oferecendo um serviço gratuito baseado na web para o docking de pequenas moléculas após a preparação automatizada de ligantes e alvos. Aqui, apresentamos a versão mais recente do SwissDock, na qual o EADock DSS foi substituído por dois programas de docking de ponta, ou seja, Cavidades Atraentes e AutoDock Vina. O AutoDock Vina fornece previsões de docking mais rápidas, enquanto as Cavidades Atraentes oferecem resultados mais precisos. Ligantes podem ser importados de várias maneiras, incluindo como arquivos, notação SMILES ou esboços moleculares. Alvos podem ser importados como arquivos PDB ou identificados pelo seu ID PDB. Além disso, opções de busca avançada estão disponíveis tanto para ligantes quanto para alvos, dando aos usuários acesso automatizado a bancos de dados amplamente utilizados. A interface web foi completamente redesenhada para submissão interativa e análise de resultados de docking. Além disso, desenvolvemos um acesso amigável à linha de comando que, além de todas as opções do site, também permite docking covalente de ligantes com Cavidades Atraentes. A nova versão do SwissDock está disponível gratuitamente em https://www.swissdock.ch/.
Bugnon et al. (Terça,) estudaram esta questão.