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Resumo Redes de interação de resíduos (RINs) são uma abordagem valiosa para representar contatos em estruturas proteicas. As RINs têm sido amplamente utilizadas em várias áreas de pesquisa, incluindo a análise dos efeitos de mutações, comunicação entre domínios, atividade catalítica e simulações de dinâmica molecular. O servidor RING é uma ferramenta poderosa para calcular interações moleculares não covalentes com base em parâmetros geométricos, fornecendo resultados de alta qualidade e confiáveis. Aqui, apresentamos o RING 4.0, que inclui melhorias significativas para identificar tanto ligações covalentes quanto não covalentes em estruturas proteicas. Agora abrange sete diferentes tipos de interação, com a adição de ligações π-hidrogênio, halogênio e locais de coordenação de íons metálicos. As definições de todos os tipos de ligação disponíveis também foram refinadas e o RING agora pode processar o dicionário completo de componentes químicos do PDB (mais de 35000 moléculas diferentes), que fornece nomes de átomos e informações de conectividade covalente para todos os ligantes conhecidos. A otimização do software melhorou o tempo de execução em uma ordem de magnitude. O servidor web RING foi redesenhado para proporcionar uma experiência de usuário mais envolvente e interativa, incorporando novas ferramentas de visualização. Os usuários agora podem visualizar todos os tipos de interações simultaneamente no visualizador de estrutura e no componente de rede. O servidor web, incluindo extensa ajuda e tutoriais, está disponível em URL: https://ring.biocomputingup.it/.
Conte et al. (Terça,) estudaram esta questão.