Identificação de assinatura de lncRNA relacionada a m6A/m5C para previsão de prognóstico e eficácia da imunoterapia em carcinoma espinocelular esofágico

Resumo Modificações de RNA N6-metiladenosina (m6A) e 5-metilcitidina (m5C) atraíram atenção significativa no campo da pesquisa epigenética devido à sua estreita associação com cânceres humanos. Neste estudo, focamos em elucidar os padrões de expressão dos RNAs longos não codificantes (lncRNAs) relacionados a m6A/m5C no carcinoma espinocelular esofágico (ESCC) e avaliar sua significância prognóstica e potencial terapêutico. Perfis transcriptômicos de ESCC foram obtidos de recursos públicos. lncRNAs relacionados a m6A/m5C foram obtidos do TCGA utilizando análise de correlações de Spearman. A assinatura prognóstica de lncRNAs m6A/m5C foi selecionada para construir um modelo RiskScore para previsão de sobrevivência, e sua correlação com o microambiente imunológico e a resposta à imunoterapia foi analisada. Um total de 606 lncRNAs m6A/m5C foram selecionados, e os casos de ESCC na coorte TCGA foram estratificados em três clusters, que mostraram diferenças significativas em várias características clínicas e paisagens imunológicas. Um modelo RiskScore compreendendo a assinatura prognóstica de dez lncRNAs m6A/m5C foi construído e demonstrou boa capacidade de predição independente em conjuntos de dados de validação. Pacientes no grupo de baixo RiskScore apresentaram um melhor prognóstico, uma maior abundância de células imunológicas (células T CD4+, células T CD4+ ingênuas, células B de memória classe mudada e Treg), e aumento da expressão da maioria dos genes de checkpoint imunológico. Importante, pacientes com baixo RiskScore tiveram mais benefícios clínicos do tratamento com inibidores de checkpoint imunológico (P < 0,05). Nossos achados sublinham o potencial do sistema RiskScore com dez lncRNAs relacionados a m6A/m5C como biomarcadores eficazes para prever resultados de sobrevivência, caracterizar a paisagem imunológica e avaliar a resposta à imunoterapia em ESCC.