Lambda3: busca de homologia para sequências de proteínas, nucleotídeos e sequências convertidas por bisulfito

Resumo Motivação Alinhamentos locais de sequências de consulta em grandes bancos de dados representam uma parte fundamental dos estudos metagenômicos e facilitam a busca de homologia. Após o desenvolvimento do NCBI Blast, muitas aplicações visaram fornecer estruturas de alinhamento local mais rápidas e igualmente sensíveis. A maioria das aplicações foca em alinhamentos de proteínas, enquanto apenas algumas também facilitam buscas baseadas em DNA. Nenhum dos programas estabelecidos permite a busca de sequências de DNA a partir de experimentos de sequenciamento por bisulfito, comumente usados para a profilagem de metilação de DNA, para os quais estratégias de alinhamento específicas precisam ser implementadas. Resultados Aqui, apresentamos o Lambda3, uma nova versão da aplicação de alinhamento local Lambda. O Lambda3 é a primeira solução que permite a busca de sequências de consulta de proteínas, nucleotídeos, bem como nucleotídeos convertidos por bisulfito. Seu modo de proteína alcança desempenho comparável ao da aplicação de alinhamento de proteína altamente otimizada Diamond, enquanto o modo de nucleotídeos consistentemente supera alinhadores de nucleotídeos locais estabelecidos. Combinado, o Lambda3 apresenta uma estrutura de alinhamento local universal que permite buscas de homologia rápidas e sensíveis para uma ampla gama de casos de uso. Disponibilidade e implementação O Lambda3 é um software livre e de código aberto disponível publicamente em https://github.com/seqan/lambda/.