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Resumo A vasta maioria dos genes codificadores de proteínas no genoma humano produz múltiplos isoformas de mRNA através de splicing alternativo, aumentando significativamente a complexidade do transcriptoma e do proteoma. Para estabelecer um método eficiente para caracterizar isoformas de transcriptos dentro de amostras de tecido, realizamos uma comparação sistemática entre técnicas de sequenciamento de RNA de célula única de leitura longa e convencionais de leitura curta. O transcriptoma de aproximadamente 30.000 células da retina de camundongo foi caracterizado usando 1,54 bilhões de leituras curtas da Illumina e 1,40 bilhões de leituras longas da Oxford Nanopore. Consequentemente, identificamos 44.325 isoformas de transcriptos, com notáveis 38% previamente não caracterizadas e 17% expressas exclusivamente em subclasses celulares distintas. Observamos que o sequenciamento de leitura longa não apenas igualou o desempenho da expressão gênica e anotação de tipo celular do sequenciamento de leitura curta, mas também superou na identificação precisa de isoformas de transcriptos. Embora as isoformas de transcriptos sejam frequentemente compartilhadas entre vários tipos celulares, sua abundância relativa mostra variação considerável específica do tipo celular. Os dados gerados em nosso estudo ampliam significativamente o repertório existente de isoformas de transcriptos, estabelecendo assim um recurso fundamental para futuras pesquisas sobre os mecanismos e implicações do splicing alternativo na biologia da retina e suas conexões com doenças relacionadas.
Wang et al. (Sex,) estudaram essa questão.