HPEPDOCK: um servidor web para o acoplamento cego de peptídeo-proteína baseado em um algoritmo hierárquico

Interações proteína-peptídeo são cruciais em muitas funções celulares. Portanto, determinar a estrutura de complexos proteína-peptídeo é importante para entender o mecanismo molecular de processos biológicos relacionados e desenvolver medicamentos peptídicos. HPEPDOCK é um novo servidor web para acoplamento cego de proteína-peptídeo através de um algoritmo hierárquico. Em vez de executar simulações longas para refinar as conformações dos peptídeos, HPEPDOCK considera a flexibilidade do peptídeo através de um conjunto de conformações de peptídeos geradas pelo nosso programa MODPEP. Para o acoplamento global cego de peptídeos, HPEPDOCK obteve uma taxa de sucesso de 33,3% na previsão do modo de ligação em uma referência de 57 casos não ligados quando os 10 melhores modelos foram considerados, em comparação a 21,1% para o servidor pepATTRACT. HPEPDOCK também teve um bom desempenho no acoplamento contra modelos de homologia e obteve uma taxa de sucesso de 29,8% entre as 10 melhores previsões. Para o acoplamento local de peptídeos, HPEPDOCK alcançou uma alta taxa de sucesso de 72,6% em uma referência de 62 casos não ligados entre as 10 melhores previsões, em comparação a 45,2% para o protocolo de peptídeo HADDOCK. Nosso servidor HPEPDOCK é computacionalmente eficiente e consumiu em média 29,8 minutos para um trabalho de acoplamento global de peptídeos e 14,2 minutos para um trabalho de acoplamento local de peptídeos. O servidor web HPEPDOCK está disponível em http://huanglab.phys.hust.edu.cn/hpepdock/.