A espectrometria de massa de alta resolução (HRMS) é uma tecnologia fundamental para a dereplicação de pequenas moléculas, comparando seus dados espectrais de MS com referências em extensos bancos de dados químicos. No entanto, a maioria dos bancos de dados químicos existentes carece de suporte robusto para o processamento de dados espectrais ou para permitir buscas diretas baseadas em m/z, limitando sua utilidade para a identificação rápida de compostos. Para resolver isso, desenvolvemos o OctoChemDB, um banco de dados centralizado que agrega e harmoniza dados químicos, biológicos e espectrais de múltiplos recursos de acesso aberto, como PubChem, MassBank e GNPS. Para tornar esses dados programaticamente acessíveis, implementamos uma Interface de Programa de Aplicação de Transferência de Estado Representacional (REST API) que permite que ferramentas e softwares externos consultem o banco de dados usando parâmetros personalizáveis. Esta API serve como o ponto de acesso principal para desenvolvedores e pesquisadores integrarem os dados do OctoChemDB em seus próprios fluxos de trabalho e aplicações. Como uma demonstração prática de como a API pode ser utilizada, construímos uma aplicação web, disponível em https://octochemdb.cheminfo.org/, que permite aos usuários realizar buscas baseadas em m/z, prever fórmulas moleculares, avaliar semelhança isotópica, analisar padrões de fragmentação e recuperar literatura e patentes associadas. Esta interface web serve como um exemplo amigável de como o banco de dados e a API subjacentes podem ser utilizados para acelerar a identificação de pequenas moléculas. Ilustramos a utilidade da plataforma por meio de estudos de caso, incluindo a identificação de 3,4-metilenodioximetanfetamina (MDMA) e cafeína, demonstrando sua eficácia em propor hipóteses estruturais, combinar espectros experimentais com entradas de banco de dados e agilizar fluxos de trabalho de dereplicação. Todo o projeto, incluindo o código-fonte, está disponível em https://github.com/cheminfo/octochemdb.
Silvestre et al. (Mon,) estudaram esta questão.