Uma estrutura computacional para detecção sensível de tumor e subtipagem precisa usando sequenciamento de metiloma de DNA celular livre em nível superficial.

O DNA tumoral circulante no plasma (ctDNA) possibilita o monitoramento não invasivo do câncer metastático. No entanto, a detecção de baixo conteúdo tumoral (CT) por meio de abordagens agnósticas em relação ao tecido tumoral continua desafiadora. Introduzimos o METER, uma estratégia computacional que explora padrões de metilação de DNA específicos do tipo de tumor para a detecção sensível de ctDNA, quantificação precisa e subtipagem a partir do sequenciamento de metiloma em nível baixo (0,5-1x) do plasma. Em amostras longitudinais de pacientes com câncer de mama metastático, o METER demonstrou uma associação mais forte com os resultados clínicos do que tanto métodos de ctDNA de ponta quanto contagens de células tumorais circulantes (CTC), mesmo com CT abaixo de 3%. O METER (https://github.com/caos-lab-unifi/METER) integra a estimativa de CT e subtipagem em uma única estrutura, permitindo análises sensíveis e precisas para oncologia de precisão.