Triagens de perturbação unicelulares de genoma inteiro com VIPerturb-seq

Triagens baseadas em CRISPR combinadas com sequenciamento unicelular (isto é, Perturb-seq) permitem o mapeamento sistemático de perturbações genéticas para fenótipos moleculares. Embora o Perturb-seq seja adequado para perfilar subconjuntos direcionados de reguladores, a expansão para triagens de genoma inteiro apresenta desafios substanciais de custo e rendimento. Aqui apresentamos VIPerturb-seq, uma plataforma para facilitar experimentos rotineiros de Perturb-seq de genoma inteiro usando fluxos de trabalho baseados em sondas para detecção. Descrevemos uma estratégia de sonda dividida para detecção de bibliotecas CRISPR de genoma inteiro em células fixadas que permite (i) suporte opcional para enriquecimento fenotípico de Perturbações Muito Importantes (VIP) antes do perfil unicelular, e (ii) compatibilidade com fluxos de trabalho de indexação combinatória para melhorar ainda mais o rendimento do Perturb-seq em 50 vezes. Usando uma biblioteca CRISPRi de genoma inteiro (GuEST-List), demonstramos VIPerturb-seq em duas triagens de genoma inteiro representando fluxos de trabalho não enviesados e enriquecidos fenotipicamente. Nossos resultados demonstram como a sensibilidade, escalabilidade e eficiência do VIPerturb-seq podem permitir tanto laboratórios individuais com perguntas de pesquisa direcionadas quanto grandes plataformas de geração de dados visando construir células virtuais.