Resumo: Background O carcinoma nasofaríngeo (NPC), um câncer raro de cabeça e pescoço, apresenta características raciais e geográficas distintas. É considerado raro na Índia, com exceção de alguns locais endêmicos no Nordeste (NE), nomeadamente Manipur, Mizoram e Nagaland. Estudos de associação genômica (GWAS) indicam que o NPC e a via de sinalização LMP1 podem compartilhar processos de doença. Para obter uma melhor compreensão da via de sinalização LMP1, analisamos polimorfismos nos genes CHUK, PIK3CA, NFKBIA, TRAF3 e MAP2K4, que estão associados ao risco de NPC. Métodos Este estudo utilizou sequenciamento de exoma total (WES) para identificar mudanças germinativas codificadoras e não codificadoras focadas no NPC nas três principais tribos do NE (Mizoram, Manipur e Nagaland) a partir de 15 amostras (9 casos e 6 controles). A plataforma Ion Proton™ foi utilizada para identificar variações de caso e controle. As variantes de caso e controle foram então examinadas quanto ao controle de qualidade usando o Haploview. As variações significativas foram examinadas e comparadas a outros conjuntos de dados clínicos. Resultados Após a segregação das variações, 22 delas foram encontradas dentro dos critérios de filtragem do Haploview. Uma variedade de abordagens in-silico foi então utilizada para processar e filtrar essas variantes. Identificamos que uma das variações de caso-controle pode estar associada ao fator de risco para NPC na região NFKBIA (NM₀20529. 3: c. 336 + 104T > C) (critério ACMG PP3). A variante NFKBIA identificada representa um candidato de alta prioridade para futura validação por sequenciamento Sanger em coortes maiores e independentes para confirmar seu papel como um fator de risco definitivo para NPC nesta população. Conclusão: Esses dados indicam que o EBV de alto risco e os genes da via de sinalização LMP-1 podem ter um efeito combinado no NPC. Dada a limitada quantidade de amostras e a natureza exploratória das análises, este estudo deve ser considerado como gerador de hipóteses. Para validar nossas descobertas, mais estudos com amostras independentes maiores e análise funcional são necessários.
Ghosh et al. (qui,) estudaram esta questão.