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A análise de isótopos estáveis (AIS) tem se mostrado uma ferramenta útil na reconstrução de dietas, caracterização de relações tróficas, elucidação de padrões de alocação de recursos e construção de teias alimentares. Consequentemente, o número de estudos utilizando AIS em ecologia trófica aumentou exponencialmente na última década. Várias subdisciplinas se desenvolveram, incluindo modelos de mistura de isótopos, modelos de dinâmica de incorporação, métodos de extração de lipídios e correção, modelos de roteamento isotópico e análise isotópica específica de compostos. Como com todas as ferramentas, existem limitações na AIS. As principais entre estas são múltiplas fontes de variação nas assinaturas isotópicas, cobertura taxonômica e ecossistêmica desigual, dependência excessiva de valores da literatura para parâmetros chave, falta de modelos canônicos, suposições não testadas ou irreais, baixo poder preditivo e escassez de estudos experimentais. Antecipamos progresso na AIS resultante da padronização de métodos e modelos, calibração de parâmetros de modelos através de experimentação e desenvolvimento contínuo de várias abordagens recentes, como modelos de roteamento isotópico e análise isotópica específica de compostos.
Boecklen et al. (2011) estudaram essa questão.