Imagens de biofilmes usando hibridização fluorescente in situ: ver é acreditar

Os biofilmes são estruturas complexas com uma relação intrincada entre os microrganismos residentes, a matriz extracelular e o ambiente circundante. O interesse por biofilmes está crescendo exponencialmente, dada sua onipresença em campos tão diversos como saúde, meio ambiente e indústria. Técnicas moleculares (por exemplo, sequenciamento de nova geração, RNA-seq) foram utilizadas para estudar as propriedades dos biofilmes. No entanto, essas técnicas disruptam a estrutura espacial dos biofilmes; portanto, não permitem observar a localização/posição dos componentes do biofilme (por exemplo, células, genes, metabólitos), o que é particularmente relevante para explorar e estudar as interações e funções dos microrganismos. A hibridização fluorescente in situ (FISH) tem sido, sem dúvida, o método mais amplamente usado para uma análise in situ da distribuição espacial de biofilmes. Nesta revisão, será explorada uma visão geral sobre diferentes variantes de FISH já aplicadas em estudos de biofilmes (por exemplo, CLASI-FISH, BONCAT-FISH, HiPR-FISH, seq-FISH). Em combinação com a microscopia de varredura a laser confocal, essas variantes emergiram como uma abordagem poderosa para visualizar, quantificar e localizar microrganismos, genes e metabólitos dentro dos biofilmes. Finalmente, discutimos novas possíveis direções de pesquisa para o desenvolvimento de abordagens robustas e precisas baseadas em FISH que permitirão aprofundar a estrutura e a função dos biofilmes.