Mapeamento Genético de Alta Resolução Usando a População de Camundongos Diversity Outbred

A população JAX Diversity Outbred é um novo recurso de camundongos derivado de linhagens do Collaborative Cross parcialmente endogâmicas e mantida por cruzamentos aleatórios. Como tal, ela segregam as mesmas variantes alélicas que o Collaborative Cross, mas as incorpora em uma arquitetura populacional distinta, na qual cada animal possui um alto grau de heterozigose e carrega uma combinação única de alelos. A diversidade fenotípica é notável e frequentemente divergente dos fenótipos observados nas linhagens fundadoras do Collaborative Cross. As frequências alélicas e a densidade de recombinação nas primeiras gerações de camundongos Diversity Outbred são consistentes com as expectativas baseadas em simulações do design de acasalamento. Descrevemos métodos analíticos para mapeamento genético usando este recurso e demonstramos o poder e a alta resolução de mapeamento alcançados com essa população ao mapear um traço de colesterol no soro para uma região de 2 Mb no cromossomo 3 que contém apenas 11 genes. A análise dos efeitos estimados dos alelos, juntamente com dados de sequenciamento completo do genoma das linhagens fundadoras, reduziu o conjunto de polimorfismos candidatos para sete SNPs, cinco dos quais estão localizados em uma região intergênica a montante do gene Foxo1.