STITCH 4: integração de interações proteína-química com dados do usuário

STITCH é um banco de dados de interações proteína-química que integra várias fontes de evidência experimental e manualmente curada com informações de text-mining e previsões de interações. Disponível em http://stitch.embl.de, a rede de interações resultante inclui 390.000 produtos químicos e 3,6 milhões de proteínas de 1133 organismos. Comparado com a versão anterior, o número de interações proteína-química de alta confiança em humanos aumentou em 45%, para 367.000. Nesta versão, adicionamos recursos para que os usuários enviem seus próprios dados ao STITCH na forma de identificadores internos, estruturas químicas ou dados quantitativos. Por exemplo, um usuário agora pode enviar uma planilha com resultados de triagens para verificar facilmente quais interações já são conhecidas. Para aumentar a cobertura do STITCH, expandimos o text mining para incluir artigos completos e adicionamos um método de previsão baseado em estruturas químicas. Além disso, alteramos nosso esquema de transferência de interações entre espécies para depender da ortologia em vez da similaridade proteica. Isso melhora o desempenho dentro de famílias de proteínas, onde as pontuações agora são transferidas apenas para proteínas ortólogas, mas não para proteínas paraloógicas. O STITCH pode ser acessado por meio de uma interface web, uma API e arquivos para download.