dRep: uma ferramenta para comparações genômicas rápidas e precisas que permite uma recuperação melhorada do genoma a partir de metagenomas por meio de desreplicação

O número de genomas microbianos sequenciados a cada ano está se expandindo rapidamente, em parte devido a estudos metagenômicos resolvidos por genoma que rotineiramente recuperam centenas de genomas de qualidade preliminar. Algoritmos rápidos foram desenvolvidos para comparar de forma abrangente grandes conjuntos de genomas, mas não são precisos com genomas de qualidade preliminar. Aqui apresentamos o dRep, um programa que reduz o tempo computacional para comparações de genomas par a par, aplicando sequencialmente uma estimativa rápida e imprecisa da distância entre genomas, e uma medida lenta e precisa da identidade nucleotídica média. O dRep alcança um aumento de 28 × na velocidade com recall e precisão perfeitos quando avaliado em relação a algoritmos desenvolvidos anteriormente. Demonstramos o uso do dRep para recuperação de genomas a partir de conjuntos de dados de séries temporais. Cada metagenoma foi montado separadamente, e o dRep foi usado para identificar grupos de genomas essencialmente idênticos e selecionar o melhor genoma de cada conjunto replicado. Isso resultou na recuperação de significativamente mais genomas e de qualidade superior em comparação com o conjunto recuperado usando co-montagem.