GtRNAdb: um banco de dados de genes de RNA transferido detectados na sequência genômica

Os RNAs transferidos (tRNAs) representam a maior e mais bem compreendida classe de genes de RNA não codificadores de proteína encontrados em todos os organismos vivos. De longe, a principal fonte de novos tRNAs é a identificação computacional de genes dentro de genomas recentemente sequenciados. Para organizar a coleção em rápido crescimento e permitir análises sistemáticas, criamos o Banco de Dados Genômico de tRNA (GtRNAdb), atualmente incluindo mais de 74.000 genes de tRNA previstos a partir de 740 espécies. O recurso na web fornece estatísticas gerais dos genes de tRNA dentro de cada genoma analisado, incluindo informações por isótipo e lócus genético, sequências primárias facilmente baixáveis, estruturas secundárias gráficas e alinhamentos de sequência múltiplos. Links diretos para cada gene nos navegadores de genomas eucariotos e microbianos do UCSC fornecem uma exibição gráfica dos genes de tRNA no contexto de todas as outras informações genéticas locais. O banco de dados pode ser pesquisado por similaridade de sequência primária, características de tRNA ou grupo filogenético. O banco de dados está disponível publicamente em http://gtrnadb.ucsc.edu.