BioMart e Bioconductor: uma ligação poderosa entre bancos de dados biológicos e análise de dados de microarranjos

biomaRt é um novo pacote do Bioconductor que integra recursos de dados do BioMart com software de análise de dados no Bioconductor. Ele pode anotar uma ampla gama de identificadores de genes ou produtos gênicos (por exemplo, identificadores de genes Entrez e identificadores de sondas Affymetrix) com informações como símbolo do gene, coordenadas cromossômicas, Ontologia Genética e anotação OMIM. Além disso, o biomaRt permite a recuperação de sequências genômicas e informações sobre polimorfismos de nucleotídeo único, que podem ser utilizadas na análise de dados. A recuperação rápida e atualizada de dados é possível, pois o pacote executa consultas SQL diretas nos bancos de dados BioMart (por exemplo, Ensembl). O pacote biomaRt fornece uma integração estreita de grandes bancos de dados BioMart, públicos ou instalados localmente, com a análise de dados no Bioconductor, criando um ambiente poderoso para mineração de dados biológicos.