Servidor web DINAMelt para previsão de derretimento de ácidos nucleicos

O servidor web DINAMelt simula o derretimento de um ou dois ácidos nucleicos de fita simples em solução. O objetivo é prever não apenas uma temperatura de derretimento para um par de ácidos nucleicos hibridizados, mas perfis de derretimento de equilíbrio inteiros em função da temperatura. As duas moléculas não precisam ser complementares, nem as concentrações das duas fitas precisam ser iguais. A competição entre diferentes espécies moleculares é automaticamente levada em conta. Cálculos consideram não apenas o heterodímero, mas também os dois possíveis homodímeros, bem como a conformação de cada molécula de fita simples. Para cada uma dessas cinco espécies moleculares, as energias livres são computadas somando os fatores de Boltzmann sobre cada estado hibridizado ou dobrado possível. Para temperaturas dentro de um intervalo especificado pelo usuário, os cálculos preveem as frações molares das espécies juntamente com a energia livre, entalpia, entropia e capacidade calorífica do conjunto. A absorbância ultravioleta (UV) a 260 nm é simulada usando coeficientes de extinção publicados e probabilidades de emparelhamento de bases computadas. Todos os resultados estão disponíveis como arquivos de texto e gráficos são fornecidos para as concentrações das espécies, capacidade calorífica e absorbância UV em função da temperatura. Este servidor está conectado a um programa de pesquisa ativo e deve evoluir à medida que novas teorias e softwares sejam desenvolvidos. A URL do servidor é http://www.bioinfo.rpi.edu/applications/hybrid/.