CellMiner: Um Conjunto Baseado na Web de Ferramentas Genômicas e Farmacológicas para Explorar Padrões de Transcritos e Medicamentos no Conjunto de Linhagens Celulares NCI-60

Bancos de dados de alta capacidade e alto conteúdo são recursos cada vez mais importantes na medicina molecular, biologia de sistemas e farmacologia. No entanto, as informações geralmente residem em bancos de dados difíceis de manusear, limitando a análise e integração de dados. Um recurso que oferece um potencial substancial de melhoria nesse sentido é o banco de dados de linhagens celulares NCI-60, compilado pelo Instituto Nacional do Câncer dos EUA, que foi extensivamente caracterizado em diversas plataformas de resposta genômica e farmacológica. Neste relatório, introduzimos um aplicativo web chamado CellMiner (http://discover.nci.nih.gov/cellminer/) projetado para melhorar a utilização desse extenso banco de dados. Ferramentas do CellMiner permitiram a recuperação rápida de dados de transcritos para 22.379 genes e 360 microARNs, junto com relatórios de atividade para 20.503 compostos químicos, incluindo 102 medicamentos aprovados pela Administração de Alimentos e Medicamentos dos EUA. A conversão desses níveis diferenciais em padrões quantitativos através do NCI-60 esclareceu a organização dos dados e comparações cruzadas usando uma nova ferramenta de correspondência de padrões. Consultas de dados para potenciais relacionamentos entre parâmetros podem ser conduzidas de maneira iterativa, específica aos interesses e expertise do usuário. Exemplos do processo de descoberta in silico possibilitado pelo CellMiner foram fornecidos para análises de resistência a múltiplos medicamentos e atividade da doxorrubicina; identificação de genes específicos do cólon, microARNs e medicamentos; microARNs relacionados ao cluster miR-17-92; e padrões de identificação de medicamentos correspondentes a erlotinibe, gefitinibe, afatinibe e lapatinibe. O CellMiner amplia enormemente as aplicações do extenso banco de dados NCI-60 para descoberta, criando processos baseados na web que são rápidos, flexíveis e facilmente aplicados por usuários sem expertise em bioinformática.