Key points are not available for this paper at this time.
A sequenciação de RNA de célula única (scRNA-seq) fornece insights sobre as heterogeneidades da expressão gênica em diversos tipos celulares subjacentes à homeostase, desenvolvimento e estados patológicos. No entanto, a perda de informações espaciais dificulta suas aplicações na decodificação de características relacionadas espacialmente, como interações célula-célula em um contexto espacial. Aqui, apresentamos o STellaris (https://spatial.rhesusbase.com), um servidor web com o objetivo de atribuir rapidamente informações espaciais aos dados de scRNA-seq com base em sua similaridade transcriptômica com dados públicos de transcriptômica espacial (ST). O STellaris é fundamentado em 101 conjuntos de dados ST cuidadosamente selecionados, abrangendo 823 seções de diferentes órgãos, estágios de desenvolvimento e estados patológicos de humanos e camundongos. O STellaris aceita matriz de contagem bruta e anotação de tipo celular dos dados de scRNA-seq como entrada, e mapeia células individuais para locais espaciais na arquitetura tecidual da seção ST adequadamente correspondida. Informações espacialmente resolvidas para comunicações intercelulares, como distância espacial e interações ligante-receptor (LRIs), são caracterizadas entre os tipos celulares anotados. Além disso, também expandimos a aplicação do STellaris na anotação espacial de múltiplos níveis regulatórios com dados de multiômica de célula única, usando o transcriptoma como uma ponte. O STellaris foi aplicado a vários estudos de caso para demonstrar sua utilidade de agregar valor aos dados de scRNA-seq em crescimento a partir de uma perspectiva espacial.
Li et al. (Quarta,) estudaram essa questão.