Identificação de um motivo de RNA alvo para a proteína de ligação a RNA HuR

HuR, uma proteína que se liga a subconjuntos específicos de mRNA, é cada vez mais reconhecida como um regulador pós-transcricional fundamental da expressão gênica. Aqui, HuR foi imunoprecipitada sob condições que preservaram as interações HuR-RNA, e os mRNAs-alvo ligados ao HuR foram identificados por hibridização de microarranjos de cDNA. A análise das sequências primárias e das estruturas secundárias compartilhadas entre os alvos do HuR levou à identificação de um motivo de RNA de 17 a 20 bases rico em uracilos. Este motivo do HuR foi encontrado em quase todos os mRNAs previamente reportados como alvos do HuR, localizando-se preferencialmente nas regiões não traduzidas 3′ de todos os transcritos unigene examinados, e foi conservado em mais de 50% dos genes homólogos humanos e murinos. Importante, o motivo do HuR permitiu a predição bem-sucedida e a validação subsequente de novos alvos do HuR a partir de bancos de dados gênicos. Este estudo descreve um motivo de RNA alvo do HuR e apresenta uma estratégia geral para identificar motivos alvo para proteínas de ligação a RNA.