Incerteza de Alinhamento e Análise Genômica

Os métodos estatísticos aplicados à análise de dados genômicos não levam em conta a incerteza no alinhamento de sequências. De fato, o alinhamento é tratado como uma observação, e todas as inferências subsequentes dependem de que o alinhamento esteja correto. Isso pode não ter sido muito problemático para muitos estudos filogenéticos, nos quais o gene é cuidadosamente escolhido por, entre outras coisas, a facilidade de alinhamento. No entanto, em um estudo de genômica comparativa, os mesmos métodos estatísticos são aplicados repetidamente em milhares de genes, muitos dos quais serão difíceis de alinhar. Usando dados genômicos de sete espécies de levedura, mostramos que a incerteza no alinhamento pode levar a vários problemas, incluindo diferentes métodos de alinhamento resultando em conclusões diferentes.