Captura/transferência de elétrons versus dissociações ativadas/induzidas por colisão: Solo ou dueto?

Novas tecnologias de fragmentação iônica--dissociação por captura de elétrons (ECD) e dissociação por transferência de elétrons (ETD)--são baseadas na interação de polipeptídeos carregados múltiplas vezes com elétrons livres (ECD) ou espécies aniônicas (ETD). Após dificuldades iniciais, essas tecnologias ECD/ETD (ExD) estão sendo cada vez mais implementadas em trabalhos de proteômica de alto rendimento. Esta análise crítica apresenta argumentos para o uso combinado de ExD com a excitação colisional convencional de baixa energia CID/CAD (CxD). Argumenta-se que a busca em banco de dados, uma tecnologia chave em proteômica baseada em MS/MS, é vulnerável em relação à informação de sequência incompleta que pode ser obtida com qualquer uma das técnicas, a homologia MS/MS de peptídeos sendo um fator complicador importante. O sequenciamento de novo é visto como a única resposta adequada a esse desafio e pode ser alcançado apenas com o uso combinado de ExD e CxD. A compensação na forma de informações adicionais de sequência deve superar os custos de tal implementação. O maior impacto da combinação de ExD e CxD é esperado em instrumentos de alta resolução.