Modelagem da Auto-Montagem de Anfifilas Peptídicas em Fibras Usando Dinâmica Molecular de Grão Grosso

Estudamos a auto-montagem de anfifilas peptídicas (APs) em uma fibra de micela cilíndrica a partir de uma mistura homogênea de APs em água usando simulações de dinâmica molecular de grão grosso. Nove execuções independentes de 16 μs mostram todas a formação espontânea de fibras, nas quais as moléculas de AP formam primeiro micelas esféricas, e depois as micelas formam uma rede tridimensional por meio de interações de van der Waals. À medida que o núcleo hidrofóbico pertencente às diferentes micelas se funde, a rede tridimensional desaparece e uma fibra com diâmetro de ∼80 Å aparece. Em concordância com os resultados de simulação atomística, as moléculas de água são excluídas do núcleo hidrofóbico e penetram até ∼15 Å da linha central da fibra. Cerca de 66% da superfície da fibra está coberta com o epítopo IKVAV, e ∼92% do epítopo está exposta a moléculas de água.