A Correspondência Isobárica entre Corridas e a Nova Normalização em Nível de PSM no MaxQuant Melhora Fortemente a Quantificação Baseada em Íons Repórteres

A rotulagem isobárica promete combinar alta multiplexação de amostras com quantificação precisa. No entanto, problemas de normalização e o problema de valores ausentes em n-plexes completos dificultam a quantificação em mais de um n-plex. Aqui, introduzimos dois novos algoritmos implementados no MaxQuant que melhoram substancialmente a análise de dados com múltiplos n-plexes. Primeiro, a correspondência isobárica entre corridas utiliza as características MS1 tridimensionais para transferir identificações de espectros MS/MS identificados para não identificados entre corridas de cromatografia líquida–espectrometria de massas, a fim de utilizar as intensidades de íons repórteres em espectros não identificados para quantificação. Em conjuntos de dados típicos, observamos um ganho significativo em espectros MS/MS que podem ser usados para quantificação. Em segundo lugar, introduzimos uma nova normalização em nível de PSM, aplicável a dados com e sem o canal de referência comum. É um método baseado em mediana ponderada, no qual os pesos refletem o número de íons que foram usados para fragmentação. Em um conjunto de dados típico, observamos a remoção completa de efeitos de lote e a dominância do agrupamento de amostras biológicas após a normalização. Além disso, fornecemos muitas opções novas de processamento e normalização no Perseus, o software complementar para a análise subsequente dos resultados em proteômica quantitativa. Todas as ferramentas e algoritmos novos estão disponíveis com os lançamentos regulares do MaxQuant e Perseus, que estão disponíveis para download em http://maxquant.org.