Uma biblioteca de assinaturas de expressão gênica para iluminar a biologia linfoide normal e patológica

A genômica forneceu uma alavanca para abrir células linfoides e examinar sua biologia regulatória. O grande volume de dados de expressão gênica disponíveis também nos permitiu definir as assinaturas de expressão gênica coordenadamente expressas, que caracterizam os estados da fisiologia celular que refletem a diferenciação celular, a ativação de vias de sinalização e a ação de fatores de transcrição. Assinaturas de expressão gênica que refletem a ação de fatores de transcrição individuais podem ser definidas perturbando a função de fatores de transcrição usando interferência de RNA (RNAi), inibição de pequenas moléculas e abordagens dominante-negativas. Usamos essa metodologia para definir assinaturas de expressão gênica de vários fatores de transcrição que controlam a diferenciação e ativação de células B, incluindo BCL-6, proteína de maturação induzida por linfócito B-1 (Blimp-1), proteína de ligação ao box X-1 (XBP1), fator nuclear-kappaB (NF-kappaB) e c-myc. Também organizamos uma ampla variedade de assinaturas de expressão gênica da literatura e as reunimos em um banco de dados de assinaturas. Métodos estatísticos podem definir se alguma assinatura nesse banco de dados é diferencialmente expressa em amostras biológicas independentes, uma abordagem que usamos para obter insights mecanicistas sobre a origem e o comportamento clínico dos linfomas de células B. Também discutimos o uso de bibliotecas de RNAi em escala genômica para identificar genes e vias que podem servir como alvos terapêuticos em malignidades de células B.