Peptídeos entrelaçados são indicativos de conformações de proteínas em amostras devido à sua reatividade com múltiplos resíduos próximos. Como suas proteínas entrelaçadas frequentemente têm conformações alternativas, cada uma com estruturas disponíveis, grandes conjuntos de dados de cross-link exigem capacidades avançadas para avaliar de forma rápida e precisa a probabilidade de um cross-link originar de todas as estruturas disponíveis. Tradicionalmente, a distância euclidiana ou a distância de superfície acessível ao solvente (SASD) que separa os resíduos tem sido utilizada para avaliar a possibilidade de um produto entrelaçado surgir de uma dentre muitas estruturas. No entanto, a acessibilidade ao solvente e o potencial para formação de ponte salina de cada resíduo reativo também podem afetar a probabilidade de anexação do ligante de cross-link. Aqui, descrevemos a adição ao banco de dados público de entrelaçamento XLinkDB de uma pontuação de confiança que combina SASD, acessibilidade ao solvente e informações de ponte salina para avaliar melhor a probabilidade de um cross-link originar de locais de pares de resíduos entre estruturas possíveis. Mostramos como essa pontuação prevê corretamente a especificidade de estado dos cross-links da translocase ADP/ATP, identificando cross-links que podem servir como biomarcadores de configurações conformacionais específicas de proteínas. Esses esforços também revelam que 12% dos cross-links no XLinkDB não têm estruturas PDB disponíveis que resultem em altas pontuações de confiança e, portanto, podem ter valor para modelagem adicional para prever estruturas alternativas.
Keller et al. (Ter,) estudaram essa questão.