Genes de resistência a antibióticos (ARGs) são contaminantes importantes em sistemas aquáticos, e sua detecção depende fortemente da sensibilidade metodológica. Este estudo comparou três plataformas moleculares: reação em cadeia da polimerase em tempo real de alto rendimento (HT-qPCR), qPCR baseada em sonda de hidrólise e PCR digital em gotas (ddPCR), para detectar ARGs em águas residuais, água de rio e água do mar na Tailândia. A HT-qPCR possibilitou um perfil abrangente do resistoma, detectando 325-336 ARGs de 373 alvos (87,1-90,1%), com genes de aminoglicosídeo, beta-lactâmico, macrolídeo-lincosamida-estreptogramina B, sulfonamida, elemento genético móvel e integrons sendo os mais prevalentes. A qPCR quantificou ARGs selecionados usando curvas padrão construídas a partir de padrões de plasmídeo cujos números absolutos de cópias foram calibrados por ddPCR, resultando em alta eficiência e forte linearidade. A ddPCR detectou os mesmos genes-alvo que a qPCR com estimativas de concentração comparáveis e identificou adicionalmente o gene blaIND, que não foi observado pela HT-qPCR ou qPCR. As quantificações de qPCR e ddPCR mostraram alta concordância baseada em classificação entre as matrizes. A combinação de HT-qPCR com qPCR melhorou a cobertura em cerca de 1% em relação à HT-qPCR isoladamente, enquanto HT-qPCR com ddPCR ofereceu valores quase idênticos. Em conclusão, a HT-qPCR foi mais eficaz para o perfil abrangente, a qPCR garantiu quantificação confiável e a ddPCR permitiu a detecção de alvos raros, apoiando uma estrutura em camadas e econômica para monitoramento inteligente de ARGs em ambientes aquáticos tropicais.
Srathongneam et al. (Wed,) estudaram essa questão.