Demuxalot: desmultiplexação genética ampliada para sequenciamento de célula única

RESUMO Métodos de desmultiplexação facilitaram o uso generalizado de experimentos de sequenciamento de RNA de célula única (scRNAseq) ao reduzir custos e diminuir variações técnicas. Aqui, apresentamos o demuxalot: um método para inferência probabilística de genótipos a partir de leituras alinhadas, sem pressupostos sobre proporções alélicas e incorporação eficiente de informações de genótipo prévias de experimentos históricos em um cenário de múltiplas lotes. Nosso método incorpora informações adicionais de forma eficiente entre leituras que se originam do mesmo transcrito, permitindo até 3x mais chamadas por leitura em relação a abordagens ingênuas. Também propomos um novo e altamente eficiente compromisso entre métodos que dependem de genótipos de referência e métodos que aprendem variantes a partir dos dados, selecionando um pequeno número de variantes altamente informativas que maximizam a informação marginal em relação a variantes de nucleotídeo único de referência (SNVs). Nosso método de desmultiplexação baseado em SNV aprimorado é até 3x mais rápido, 3x mais eficiente em dados e atinge discriminação de duplos significativamente mais precisa do que os métodos publicados anteriormente. Esta abordagem torna o scRNAseq viável para o tipo de grandes estudos multi-lotes e multi-doador que são necessários para investigar doenças com contextos genéticos heterogêneos.