Funcionalidade ou ruído transcricional? Evidências de seleção em RNA longos não codificantes

Transcritos longos que não codificam proteínas raramente foram objeto de escrutínio experimental. Presumivelmente, isso se deve à atual falta de evidências de sua funcionalidade, deixando a impressão de que, em vez disso, representam "ruído transcricional." Aqui, descrevemos uma análise de 3122 RNA longos e completos, não codificantes ("macroRNAs") do camundongo, e comparamos suas sequências e seus promotores com sequências ortólogas de humanos e de ratos. Consideramos três assinaturas independentes de seleção purificadora relacionadas a substituições, inserções e deleções de sequência, e splicing. Descobrimos que a evolução do conjunto de RNAs não codificantes não é consistente com explicações neutralistas. Em vez disso, nossos resultados indicam que a seleção purificadora atuou sobre os promotores dos macroRNAs, a sequência primária e os motivos de sítios de splice consenso. Os promotores sofreram a maior eliminação de substituições de nucleotídeos, inserções e deleções. A proporção de sequência conservada (4,1%-5,5%) nesses macroRNAs é comparável à densidade de éxons em transcritos codificadores de proteínas (5,2%). Esses macroRNAs, tomados em conjunto, assim possuem a impressão da seleção purificadora, indicando sua funcionalidade. Nossas descobertas devem agora fornecer um incentivo para a investigação experimental das funções desses macroRNAs.