Uma Escala Termodinâmica para as Tendências de Formação de Hélices dos Aminoácidos Comumente Encontrados

Os aminoácidos têm preferências conformacionais distintas que influenciam as estabilidades das estruturas secundárias e terciárias de proteínas. As estabilidades termodinâmicas relativas de cada um dos 20 aminoácidos comumente encontrados nos estados alfa-helicoidal versus espiral aleatória foram determinadas através do design de um peptídeo que forma um dímero alfa-helicoidal não covalente, que está em equilíbrio com um estado monomérico enrolado aleatoriamente. As hélices alfa no dímero contêm um único sítio exposto ao solvente que é cercado por cadeias laterais de aminoácidos pequenos e neutros. Cada um dos aminoácidos comumente encontrados foi substituído neste sítio de convidado, e as constantes de equilíbrio resultantes para o equilíbrio monômero-dímero foram determinadas para fornecer uma lista de valores de diferença de energia livre (delta delta G grau).