Primer, Pipelines, Parâmetros: Questões na Sequenciação do Gene 16S rRNA

Na sequenciação do gene 16S rRNA, certos gêneros bacterianos foram encontrados como sub-representados ou até mesmo ausentes em perfis taxonômicos quando combinados com primers inadequados, bancos de dados de referência desatualizados ou configurações de pipeline inadequadas. No que diz respeito a este último, os limiares de qualidade, bem como as configurações bioinformáticas (ou seja, abordagem de agrupamento, pipeline de análise e ajustes específicos, como truncamento) são responsáveis por várias diferenças observadas entre os estudos. As conclusões tiradas da comparação de um conjunto de dados a outro (por exemplo, entre publicações) parecem problemáticas e requerem validação cruzada independente usando regiões V correspondentes e processamento de dados uniforme. Portanto, destacamos a importância de um desenho de estudo bem pensado, incluindo padrões simulados suficientemente complexos e a escolha apropriada da região V para a amostra de interesse. O uso de pipelines de processamento e parâmetros deve ser testado previamente.