MethylSig: uma pipeline de análise de metilação de DNA de todo o genoma

MOTIVAÇÃO: A metilação do DNA desempenha papéis críticos na regulação gênica e na especificação celular sem alterar as sequências de DNA. A ampla aplicação de sequenciamento de bisulfito de representação reduzida (RRBS) e sequenciamento de bisulfito de todo o genoma (bis-seq) abre a porta para estudar a metilação do DNA em resolução de único CpG. Uma questão desafiadora é como testar da melhor forma as diferenças significativas de metilação entre grupos de amostras biológicas, a fim de minimizar descobertas falsas positivas. RESULTADOS: Apresentamos um pacote de análise estatística, methylSig, para analisar diferenças de metilação em todo o genoma entre amostras de diferentes tratamentos ou grupos de doenças. O MethylSig leva em consideração tanto a cobertura de leitura quanto a variação biológica, utilizando uma abordagem beta-binomial em amostras biológicas para um local ou região de CpG, e identifica diferenças relevantes na metilação de CpG. Ele também pode incorporar informações locais para melhorar a estimativa do nível de metilação do grupo e/ou variância para experimentos com pequeno tamanho de amostra. Um estudo de permutação baseado em dados de amostras RRBS aprimoradas mostra que o methylSig mantém um erro tipo-I bem calibrado quando o número de amostras é três ou mais por grupo. Nossas simulações mostram que o methylSig tem maior sensibilidade em comparação com vários métodos alternativos. O uso do methylSig é ilustrado com uma comparação de diferentes subtipos de leucemia aguda e amostras normais de medula óssea. DISPONIBILIDADE: O methylSig está disponível como um pacote R em http://sartorlab.ccmb.med.umich.edu/software. INFORMAÇÕES SUPLEMENTARES: Dados suplementares estão disponíveis em Bioinformatics online.