Sequenciamento de próxima geração metagenômica para diagnóstico de infecção pulmonar mista

FUNDAMENTOS: O sequenciamento de próxima geração metagenômica (mNGS) está emergindo como uma técnica promissora para detecção de patógenos. No entanto, os relatos sobre a aplicação do mNGS em infecções pulmonares mistas ainda são escassos. MÉTODOS: De julho de 2018 a março de 2019, 55 casos foram incluídos nesta análise retrospectiva. Os casos foram classificados em infecção pulmonar mista (36 65,5%) e infecção pulmonar não mista (19 34,5%) de acordo com os diagnósticos primários. As performances do mNGS e do teste convencional no diagnóstico de infecção pulmonar mista e identificação de patógenos foram comparadas. RESULTADOS: A sensibilidade do mNGS no diagnóstico de infecção pulmonar mista foi muito maior do que a do teste convencional (97,2% vs 13,9%; P < 0,01), mas a especificidade foi oposta (63,2% vs 94,7%; P = 0,07). O valor preditivo positivo do mNGS foi 83,3% (IC 95%, 68,0-92,5%) e o valor preditivo negativo foi 92,3% (IC 95%, 62,1-99,6%). Um total de 5 (9,1%) casos foram identificados como infecção pulmonar mista tanto pelos testes convencionais quanto pelo mNGS; no entanto, os resultados de identificação de patógenos foram consistentes entre esses dois métodos em apenas 1 (1,8%) caso. Em resumo, os patógenos detectados pelo mNGS em 3 (5,5%) casos foram consistentes com aqueles pelo teste convencional, e apenas 1 (1,8%) caso era infecção pulmonar mista. De acordo com nossos dados, o mNGS teve um espectro mais amplo para detecção de patógenos do que os testes convencionais. Em particular, a aplicação do mNGS melhorou o diagnóstico de infecções fúngicas pulmonares. Dentro dos 55 casos, o mNGS detectou e identificou fungos em 31 (56,4%) casos, dos quais apenas 10 (18,2%) casos foram positivos para os mesmos fungos pelo teste convencional. O patógeno mais comum detectado pelo mNGS em nosso estudo foi o citomegalovírus humano, que foi identificado em 19 (34,5%) casos de infecção pulmonar mista. O citomegalovírus humano e o Pneumocystis jirovecii, que foram detectados em 7 (12,7%) casos, foram os co-patógens mais comuns no grupo de infecção pulmonar mista. CONCLUSÕES: O mNGS é uma técnica promissora para detectar co-patógenos em infecções pulmonares mistas, com benefícios potenciais em rapidez e sensibilidade. REGISTRO DO ENSAIO: (registrado retrospectivamente): ChiCTR1900023727. Registrado em 9 DE JUNHO DE 2019.