Dockstore: aprimorando uma plataforma comunitária para compartilhar protocolos computacionais reprodutíveis e acessíveis

Dockstore (https://dockstore.org/) é uma plataforma de código aberto para publicar, compartilhar e encontrar ferramentas e fluxos de trabalho de bioinformática. A plataforma facilitou colaborações de pesquisa biomédica em grande escala ao usar tecnologias de nuvem para aumentar a Encontrabilidade, Acessibilidade, Interoperabilidade e Reutilização (FAIR) de recursos computacionais, promovendo assim a reprodutibilidade de análises complexas de bioinformática. O Dockstore suporta uma variedade de repositórios de origem, estruturas de análise e tecnologias de linguagem para oferecer uma plataforma de publicação integrada que permite que autores criem um catálogo centralizado de software científico. A embalagem pronta para uso de centenas de ferramentas e fluxos de trabalho, combinada com a implementação de padrões de interoperabilidade, permite que os usuários lancem análises em múltiplos ambientes. O Dockstore é amplamente utilizado; mais de vinte e cinco organizações de destaque compartilham coleções de análises através da plataforma em uma variedade de linguagens de fluxo de trabalho, incluindo as melhores práticas do GATK do Broad Institute e fluxos de trabalho COVID-19 (WDL), fluxos de trabalho nf-core (Nextflow), as ferramentas da Intergalactic Workflow Commission (Galaxy) e fluxos de trabalho da Seven Bridges (CWL), para destacar apenas alguns. Aqui descrevemos as melhorias feitas ao longo dos últimos quatro anos, incluindo a expansão de integrações de sistema que suportam autores, a adição de recursos de colaboração e integrações de plataformas de análise que apoiam usuários, e outras melhorias que aumentam a reprodutibilidade científica geral do conteúdo do Dockstore.