PlantTFDB: um banco de dados abrangente de fatores de transcrição de plantas

Os fatores de transcrição (TFs) desempenham papéis chave no controle da expressão gênica. A identificação e anotação sistemática de TFs, seguida pela construção de bancos de dados de TFs, pode servir como recursos úteis para o estudo da função e evolução dos fatores de transcrição. Desenvolvemos um banco de dados abrangente de fatores de transcrição de plantas, o PlantTFDB (http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn), que contém 26.402 TFs preditos de 22 espécies, incluindo cinco organismos modelo com sequência de genoma completo disponível e 17 plantas com sequências de EST disponíveis. Para fornecer informações abrangentes para esses TFs putativos, fizemos uma ampla anotação em níveis de família e gene. Uma breve introdução e referências-chave foram apresentadas para cada família. Informações sobre domínios funcionais e referências cruzadas a vários bancos de dados públicos bem conhecidos estavam disponíveis para cada TF identificado. Além disso, previmos ortólogos putativos desses TFs entre as 22 espécies. O PlantTFDB tem uma interface simples que permite aos usuários pesquisar o banco de dados por IDs ou textos livres, fazer pesquisa de similaridade de sequência contra TFs de todas ou de espécies individuais, e baixar sequências de TF para análise local.