CAMERA: um teste competitivo de conjuntos de genes que leva em conta a correlação entre genes

Testes competitivos de conjuntos de genes são comumente utilizados em análise de caminhos moleculares para testar o enriquecimento de uma categoria específica de anotação gênica entre os resultados de expressão diferencial de um experimento de microarray. Testes existentes de conjuntos de genes que dependem de permutação de genes mostram-se extremamente sensíveis à correlação entre genes. Vários conjuntos de dados são analisados para mostrar que a correlação entre genes é não negligenciável, mesmo para experimentos em populações celulares homogêneas usando organismos modelo geneticamente idênticos. Um novo procedimento de teste de conjuntos de genes (CAMERA) é proposto com base na ideia de estimar a correlação entre genes a partir dos dados e usá-la para ajustar a estatística do teste de conjuntos de genes. Um procedimento eficiente é desenvolvido para estimar a correlação entre genes e caracterizar sua precisão. O CAMERA demonstra controlar corretamente a taxa de erro tipo I, independentemente das correlações entre genes, ao mesmo tempo em que mantém um excelente poder para detectar expressão diferencial genuína. A análise de dados de câncer de mama mostra que o CAMERA recupera relações conhecidas entre subtipos de tumor de forma muito convincente. O CAMERA pode ser usado para analisar conjuntos especificados ou como uma ferramenta de análise de caminhos usando um banco de dados de assinaturas moleculares.