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Os oligosacarídeos do leite humano (HMOs) são o terceiro maior componente sólido do leite. Sua complexidade estrutural os torna não digeríveis para o hospedeiro, mas suscetíveis a enzimas hidrolíticas da microbiota colônica infantil. Os bifidobactérias e, frequentemente, as cepas de Bifidobacterium longum predominam na microbiota colônica de lactentes exclusivamente amamentados. Entre as três subespécies reconhecidas de B. longum, a B. longum subsp. infantis atinge altos níveis de crescimento celular em HMOs e está associada à colonização precoce do intestino infantil. O genoma da B. longum subsp. infantis ATCC 15697 apresenta cinco grupos gênicos distintos com a capacidade predita de ligar, clivar e importar oligosacarídeos do leite. Hibridações genômicas comparativas (CGHs) foram utilizadas para associar biomarcadores genotípicos entre 15 cepas de B. longum exibindo diferentes fenótipos de utilização de HMO e associações com o hospedeiro. O tipagem de sequência multilocus forneceu designações taxonômicas de subespécies e agrupou as cepas entre B. longum subsp. infantis e B. longum subsp. longum. A análise de CGH determinou que as regiões do gene de utilização de HMO são exclusivamente conservadas entre todas as cepas de B. longum subsp. infantis capazes de crescer em HMOs e divergiram nas cepas de B. longum subsp. longum que não conseguem crescer em HMOs. Essas regiões contêm fucosidases, sialidases, glicosil hidrolases, transportadores ABC e proteínas de ligação a solutos da família 1 e provavelmente são necessárias para o metabolismo eficiente de HMOs. Os genes de metabolismo da ureia e sua atividade foram exclusivamente conservados em B. longum subsp. infantis. Esses resultados implicam que o B. longum tem pelo menos duas subespécies distintas: B. longum subsp. infantis, especializada em utilizar carbono do leite, e B. longum subsp. longum, especializada no metabolismo de carbono de origem vegetal.
LoCascio et al. (Sat,) estudaram esta questão.