HAMAP em 2015: atualizações para o sistema de classificação e anotação de famílias de proteínas

HAMAP (Anotação Automática e Manual de Proteínas de Alta Qualidade–disponível em http://hamap.expasy.org/) é um sistema para a classificação e anotação automática de sequências de proteínas. O HAMAP fornece anotações da mesma qualidade e detalhamento que o UniProtKB/Swiss-Prot, utilizando perfis curados manualmente para classificação de família de sequências de proteínas e regras curadas por especialistas para anotação funcional de membros da família. Os dados e ferramentas do HAMAP estão disponíveis através do nosso site e como parte do pipeline UniRule da UniProt, fornecendo anotação para milhões de sequências não revisadas do UniProtKB/TrEMBL. Aqui relatamos o crescimento do HAMAP e as atualizações no sistema HAMAP desde nosso último relatório na Edição da Base de Dados NAR de 2013. Continuamos a aumentar o HAMAP com novos perfis de família e regras de anotação à medida que novas famílias de proteínas são caracterizadas e anotadas no UniProtKB/Swiss-Prot; a versão mais recente do HAMAP (até 3 de setembro de 2014) contém 1983 perfis de classificação de família e 1998 regras de anotação (aumentando de 1780 e 1720). Demonstramos como a lógica complexa das regras do HAMAP permite uma anotação precisa de variantes funcionais individuais dentro de grandes famílias de proteínas homólogas. Também descrevemos melhorias em nossa ferramenta baseada na web HAMAP-Scan, que simplifica a classificação e anotação de sequências, e a incorporação de um algoritmo de busca de perfil de sequência aprimorado.