Os metilomas de seis bactérias

Seis genomas bacterianos, Geobacter metallireducens GS-15, Chromohalobacter salexigens, Vibrio breoganii 1C-10, Bacillus cereus ATCC 10987, Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176 e C. jejuni NCTC 11168, todos os quais haviam sido sequenciados anteriormente usando outras plataformas, foram re-sequenciados utilizando sequenciamento de molécula única em tempo real (SMRT) especificamente para analisar seus metilomas. Em todos os casos, foram descoberta uma série de novos padrões de metilação N(6)-metiladenina ((m6)A) e N(4)-metilcitosina ((m4)C) e as DNA metiltransferases (MTases) responsáveis por esses padrões de metilação foram atribuídas. Em 15 casos, foi possível igualar genes de MTase com sequências de reconhecimento de MTase sem necessidade de subclonagem adicional. Dois sistemas de restrição do Tipo I exigiram subclonagem para diferenciar suas sequências de reconhecimento, enquanto quatro genes de MTase que não foram expressos no organismo nativo foram sub-clonados para testar viabilidade e sequências de reconhecimento. Dois desses mostraram-se ativos. Nenhuma tentativa foi feita para detectar motivos de reconhecimento de 5-metilcitosina ((m5)C) a partir dos dados de sequenciamento SMRT® porque essa modificação produz sinais mais fracos usando os métodos atuais. No entanto, todas as MTases previstas ((m6)A e (m4)C) foram detectadas de forma inequívoca. Este estudo mostra que a adição do sequenciamento SMRT às abordagens de sequenciamento tradicionais fornece uma riqueza de informações funcionais úteis sobre um genoma, mostrando não apenas quais genes de MTase estão ativos, mas também revelando suas sequências de reconhecimento.