Key points are not available for this paper at this time.
Avanços recentes nas tecnologias de transcriptômica espacial melhoraram significativamente a resolução e a capacidade de processamento, destacando a necessidade urgente de um benchmarking sistemático. Aqui, geramos seções de tecido seriadas a partir de amostras de adenocarcinoma de cólon, carcinoma hepatocelular e câncer de ovário para avaliação sistemática. Usando essas amostras processadas uniformemente, geramos dados de transcriptômica espacial em quatro plataformas de alta capacidade com resolução subcelular: Stereo-seq v1.3, Visium HD FFPE, CosMx 6K e Xenium 5K. Para estabelecer conjuntos de dados de verdadeiros, perfilamos proteínas em seções de tecido adjacentes a todas as plataformas usando CODEX e realizamos sequenciamento de RNA de célula única nas mesmas amostras. Aproveitando a segmentação nuclear manual e anotações detalhadas, avaliamos sistematicamente o desempenho de cada plataforma em termos de sensibilidade de captura, especificidade, controle de difusão, segmentação celular, anotação celular, agrupamento espacial e concordância com o CODEX adjacente. O conjunto de dados multi-ômico gerado e processado uniformemente poderia avançar o desenvolvimento de métodos computacionais e descobertas biológicas. O conjunto de dados está acessível via SPATCH, um servidor web amigável para visualização e download.
Ren et al. (Sex,) estudaram esta questão.