Análise do proteoma usando a incorporação seletiva de aminoácidos marcados isotopicamente

Um método é descrito para identificar proteínas intactas a partir de bancos de dados genômicos usando uma combinação de medições precisas de massa molecular e conteúdo parcial de aminoácidos. Uma demonstração inicial foi realizada para proteínas isoladas de Escherichia coli (E. coli) usando uma cepa auxotrófica múltipla de K12. As proteínas extraídas do organismo cultivado em meio mínimo com abundância isotópica natural e também em meio mínimo contendo leucina marcada isotopicamente (Leu-D10) foram misturadas e analisadas por focalização isoeletrônica capilar (CIEF) acoplada à espectrometria de massa por ressonância de ciclo de íons de transformação de Fourier (FTICR). A incorporação do resíduo de Leu marcado isotopicamente não tem efeito na separação CIEF da proteína, portanto, ambas as versões da proteína são observadas dentro do mesmo espectro FTICR. A diferença na massa molecular das proteínas marcadas isotopicamente e das abundantes em Leu-D10 é usada para determinar o número de resíduos de Leu presentes naquela proteína específica. O conhecimento da massa molecular e do número de resíduos de Leu presentes pode ser usado para identificar de forma inequívoca a proteína intacta. Resultados preliminares mostram a eficácia deste método para identificar de forma inequívoca proteínas isoladas de E. coli.