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Um editor de sequências dedicado, ALMA, foi desenvolvido para alinhar muitas sequências de proteínas ou moléculas de RNA ou fragmentos mais longos de DNA. Como editores publicados anteriormente, ALMA é dirigido por menus, orientado para a tela e oferece exibição de similaridade e consenso. O ALMA possui as características adicionais de movimento coletivo de sequências, aceitação de entrada de muitas fontes, incluindo arquivos de estrutura e bancos de dados, exibição de estrutura secundária e fácil fusão de alinhamentos. Para manter a integridade da sequência e economizar espaço em disco, lacunas e sequências são armazenadas separadamente. A recuperação automática de uma sessão é possível. Finalmente, o programa permite interação entre alinhamento manual e automático.
Thirup et al. (Mon,) estudaram essa questão.