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Na natureza, os micro-organismos vivem em comunidades microbianas complexas. O conhecimento taxonômico e funcional abrangente sobre comunidades microbianas apoia aplicações médicas e técnicas, como diagnósticos fecais, bem como a operação de plantas de biogás ou de tratamento de águas residuais. Além disso, as comunidades microbianas são cruciais para o ciclo global do carbono e do nitrogênio no solo e no oceano. Entre os métodos disponíveis para a investigação de comunidades microbianas, a metaproteômica pode aproximar a atividade dos micro-organismos ao investigar o teor de proteínas de uma amostra. Embora a metaproteômica seja um método muito poderoso, questões dentro da avaliação bioinformática impedem seu sucesso. Em particular, a construção de bancos de dados para identificação de proteínas, agrupamento de proteínas redundantes, bem como a anotação taxonômica e funcional apresentam grandes desafios. Além disso, a crescente quantidade de dados dentro de um estudo de metaproteômica requer algoritmos e software dedicados. Esta revisão resume o software recente de metaproteômica e aborda as questões introduzidas em detalhe.
Heyer et al. (Ter,) estudaram essa questão.