Caracterização Sistemática da Localização Celular e Perfis de Expressão de Proteínas Contendo Ligandos de MHC

FUNDAMENTAÇÃO: A apresentação de peptídeos em moléculas do Complexo Maior de Histocompatibilidade (MHC) é a base da ativação do sistema imunológico e o aumento do conhecimento sobre as características dos ligandos de MHC e suas proteínas de origem é altamente desejável. METODOLOGIA/RESULTADO PRINCIPAL: Neste grande estudo em larga escala, usamos um grande conjunto de dados de proteínas contendo ligandos de MHC de classe I ou II identificados experimentalmente e examinamos as proteínas de acordo com seus perfis de expressão no nível do mRNA e sua classificação no Ontologia Gene (GO) dentro da ontologia de componente celular. As proteínas codificadas por mRNAs altamente abundantes apresentaram muito mais probabilidade de serem a fonte de ligandos de MHC. Dos 2,5% de mRNAs mais abundantes, até 41% das proteínas codificadas por esses mRNAs continham ligandos de MHC de classe I. Para proteínas contendo ligandos de MHC de classe II, o percentual correspondente foi de 11%. Além disso, descobrimos que a maioria das proteínas contendo ligandos de MHC de classe I estavam localizadas nas partes intracelulares da célula, incluindo o citoplasma e o núcleo. Os doadores de ligandos de MHC de classe II eram, por outro lado, principalmente proteínas de membrana. CONCLUSÕES/IMPORTÂNCIA: Os resultados contribuem para o debate em andamento sobre a natureza das proteínas que contêm ligandos de MHC e podem ser usados para expandir os métodos existentes de previsão de ligandos de MHC, incluindo a localização da proteína de origem e o perfil de expressão. Melhorar os métodos atuais é importante na crescente busca por epítopos que possam ser utilizados para vacinas ou fins diagnósticos, especialmente no que diz respeito a grandes vírus de DNA e câncer.